Les col·leccions de zoologia es van incorporar més tardanament a les col·leccions del Museu. Hi ha prop de 80 exemplars d’aus naturalitzades i uns 25 exemplars naturalitzats de mamífers i fauna autòctona.

La col·lecció de paleontologia del Museu Arxiu està constituïda per prop de 640 exemplars i s’ha format a partir de donacions diverses. La procedència geogràfica dels fòssils és molt variada, amb exemplars recollits a França, Alemanya o, fins i tot, a Austràlia, si bé la majoria són originaris de Catalunya. Representen un testimoni de l’interès que des de sempre ha despertat el col·leccionisme de fòssils, bé pel seu interès científic, geològic o purament estètic.

La col·lecció de geologia està formada per prop de 300 minerals i roques, classificats i identificats, però de procedència diversa. Les col·leccions de botànica compten amb prop de 700 exemplars de líquens, la majoria dels quals procedeixen de la comarca. A aquestes col·leccions, cal sumar-hi el jardí del Museu, actualment renovat i dedicat a les plantes d’ús medicinal pròpies del nostre entorn.